1448 г. Поместный собор высшего духовенства в Москве сложил каноническую зависимость от Константинополя, утвердив главу Русской православной церкви митрополита Иону без санкции константинопольского патриарха.

Этот акт ознаменовал окончание зависимости Русской православной церкви от Византии и установил ее полную автономию (автокефалию). Вместе с тем московская митрополия с этого момента оказалась в прямой зависимости от великокняжеской власти.

Наиболее дальновидные иерархи православной церкви стремились к укреплению великокняжеской власти и централизации государства как оплота самодержавия. Вместе с тем внутри страны авторитет церкви был значительно поколеблен из‑за обострения социальных противоречий. Это привело к возникновению так называемых ересей. Возникли споры между «нестяжателями», которые считали, что с еретиками следует полемизировать, а не расправляться и что подлинное служение церкви надо исполнять через аскетический образ жизни, «нестяжанием» земных богатств и владений, и «иосифлянами», которые были сторонниками усиления борьбы с ересями и увеличения доходов церкви.

Постепенно начал складываться союз светской власти с наиболее ортодоксальной частью церковников во главе с Иосифом Волоцким (лидером «иосифлян»), который провозглашал, что «священство выше царства», а устои православия – условие и судьбоносный фактор самого существования самодержавия.